NPO法人の運営も労力と時間が多くかかります。
NPO法人も一般企業と同様に税務関係、労働保険関係、社会保険関係の手続が必要になりますが、さらに毎事業年度１回以上の総会開催、役員の改選等定款に定められたルールに則った活動や組織運営及び会計処理、所轄庁や法務局への所定の書類の提出など、特定非営利活動促進法やその他の法令、および定款の定めに従って活動していく必要があります。
実際、これらの書類提出を怠ったために認証取消となったNPO法人もあります。

作成しなければならない書類

• 事業報告書
• 財産目録※
• 貸借対照表
• 収支計算書
• 前年度の役員名簿
• 社員名簿
  

変更があった場合の届出

毎事業年度終了後２カ以内に資産総額の変更登記
NPO法人は、資産の総額が登記事項となっています。通常、資産総額は毎年変動しますので、事業年度終了後２カ月以内に変更登記する必要があります。

役員の変更があった場合
役員の新任、再任、任期満了、死亡、辞任、解任、氏名又は住所（居所）の変更があった場合は、所轄庁への変更届出が必要です。
　　※　理事の変更の場合は、法務局で変更登記が必要

定款の変更を行う場合
Ａ　軽微な事項
(1)所轄庁内での事務所の所在地の変更　(2)資産に関する事項　(3)公告の方法の３つの事項に限定されています。
※これらの変更は、所轄庁への定款変更届出が必要です。また、事務所の変更の場合は、法務局で変更登記が必要になります。

Ｂ　軽微な事項以外の定款変更
所轄庁への定款変更認証申請が必要です。千葉県の場合、申請後縦覧期間を経て３か月以内に認証・不認証の決定がされます。（所轄庁の認証を受けなければ定款変更の効力は生じません。）
※　目的等登記事項に変更があった場合は、法務局で変更登記が必要
改正により、①役員の定数、②会計に関する事項、③事業年度、④解散に関する事項（残余財産の帰属すべき者に係るものを除く）も認証が不要となります。

NPO法人は公益上の法人である以上、正確な会計処理が要求されます。

このようにNPO法人は、経理担当者をおくか、外部に依頼して、しっかりとした会計処理を行うことが必要になります。